La majorité des variantes d'Omicron dans le monde continuent de se répandre et d'évoluer. Cependant, ses nouveaux avatars sont désormais désignés comme BA.1, BA.2, puis BA.4 et BA.5.
Samuel Arison- Bien sûr, cette nomenclature riche suffit à se perdre Lettres grecques en 2021 Introduites dans la variante Alpha par le World Health Organisation (OMS). C'est probablement la pire classification car elle a été développée sans tenir compte de la biologie évolutive. Ceux de Pango ou Next Clade sont bien mieux adaptés. De plus, l'OMS semble avoir cessé de mettre à jour et de regrouper toutes les variantes du type BA avec le terme générique Omicron.
Circulation de la lignée SARS-CoV-2 en France de septembre à septembre 2021 à mars 2022 (A) et fréquence d'infection causée par la lignée BA.2 (B) ). Sofonea et al. (2022, Emerging Infectious Diseases)
Des études récenteset la circulation de la souche mutante française dans la première onde Omicron déclenchée par la souche BA a été modélisée. Celui-ci sortira fin 2021. Elle a été rapidement remplacée par la ligne BA.2, provoquant une deuxième vague hospitalière en avril 2022. Actuellement, les lignes BA.4 et BA.5 sont préférées.
Mircea T. Sofonea- Ces souches ont été identifiées en mai, mais sont peut-être apparues en Afrique du Sud en décembre 2021. France depuis mars 2022.
La variante BA.2 est différente de BA.1 et la variante delta est celle de la variante alpha, mais les différences évolutives entre BA.4 et BA.5 sont encore plus limitées.
Cependant, même si le nombre de nouvelles mutations est limité, cela peut être difficile. Par conséquent, la mutation 452R dans la protéine de pointe est connue pour améliorer son affinité avec le récepteur ACE2 humain utilisé par le virus pour envahir les cellules. La mutation 486V, toujours dans le péplomère, confère au virus une capacité assez élevée à échapper à l'immunité.
Néanmoins, il faut faire attention aux inférences analogiques qui s'appliquent à des mutations isolées. Ce dernier effet n'est ni absolu ni cumulatif . Il est à l'échelle du génotype et implique des phénomènes synergiques et antagonistes potentiels, y compris des emplacements distants sur le génome (en parlant d'épistasie).
Ces mutations sont des innovations dans ces variantes, ou BA.4 et BA.5 " sont de toutes les possibilités testées par leurs prédécesseurs {. 144} " est sélectionné-Delta, Gamma, Beta , Alpha
MTS - Omicron est un descendant de la variante précédente Pas un cousin éloigné, le virus ne doit pas muter spontanément ou dans le manière indiquée. Des mutations détectées dans la nouvelle lignée de génomes sont apparues par hasard. La mutation
452R n'était pas présente dans les souches BA.1 ou BA.2, mais a été trouvée dans le mutant delta. C'est aussi l'une des trois mutations requises dans les tests de dépistage actuellement pratiqués dans tous les tests PCR positifs en France. La mutation
486V n'est associée à aucune des lignées circulant au sein de notre espèce, mais soi-disantanalyse de mutation profondeassociée à l'expérience. Nous avons identifié qu'il produit une protéine avec des mutations et est potentiellement impliqué dans la fuite vers l'immunité.
SA- Deux mécanismes génétiques sont impliqués dans les différences entre les variants : les mutations et la recombinaison. Ce dernier mélange tout le génome lorsque deux virus de souches différentes " " co-infectent le même hôte au niveau biologique
Plusieurs hypothèses coexistent pour expliquer l'émergence de variants, ce qui permet : : Augmentation de la circulation dans la population, implication des réservoirs animaux, ou infection chronique des individus immunodéprimés. .. En effet, ce dernier ne peut pas éliminer le virus et provoque donc des infections plus longues et plus mortelles. Ainsi, une pré-publication de l'équipe new-yorkaise (et donc prudence, car elle n'a pas encore été revue par des pairs) décrit l'évolution intra-patient du virus BA.1 avec l'accumulation de mutations importantes. , Envoyer à au moins 5 autres
Pour BA.4 ou BA.5, à la différence de BA. 2 est très limité et peut n'être qu'une mutation qui est corrigée au fur et à mesure que le virus circule.
Pourquoi BA.4 et BA.5 sont si populaires en France
SA- Facile L'avantage que l'on ligne dans une population croît sur une autre peut être estimée. Selon notre équipe, celle de BA.5 est d'environ 9 % en France par rapport à BA.2.
En revanche, il est difficile de savoir d'où vient cet avantage. BA.5 est parce qu'il est plus contagieux, ou pré-publié par l'équipe japonaise et Une publication par l'équipe chinoise met en évidence le rôle de l'échappement antigénique, notamment à travers la mutation 486V.
Quelle que soit l'origine de cet avantage, il pourrait contribuer à la reprise épidémique en France.
MTS- Le second mécanisme fonctionne également en France : Anti-SARS-CoV-2 immunogène-essentiellement hybride, c'est-à-dire après vaccination Les deux post-infection- infectieux-diminue avec le temps depuis le dernier événement immunogène (infection ou vaccination).
Si la protection apportée par l'infection à Omicron ou une troisième dose du vaccin reste significative après 5 mois contre la forme sévère, alors que contre l'infection, elle sera fortement diminuée. Par conséquent, la sensibilité de la population au virus (c'est-à-dire la contrepartie de l'immunité collective) se reconstitue au fil du temps, ouvrant à terme la possibilité d'une reprise épidémique.
En résumé, BA.4 et BA.5 se propagent à mesure que l'immunité vieillit et se propagent plus rapidement que BA.2. Cela est dû aux deux avantages de l'infectiosité et de l'anti-immunité. Par conséquent, BA.4 et BA.5 induisent des ondes plus rapidement que BA.2.
La situation au Portugal était une source d'inquiétude. Mais pouvons-nous apprendre des tendances observées dans d'autres pays ?
MTS- Je me réserve pour les comparaisons entre pays De plus en plus : Ils sont plus délicat car le cycle actuel dépend de l'histoire épidémiologique et immunologique de plus en plus différenciée selon les pays, en plus des mesures d'hygiène mises en place. ..
Au niveau français, il est encore difficile de comparer quantitativement l'atténuation des mesures de récupération-contribution avec les conditions estivales qui les limitent, et des journées plus longues et plus chaudes dans un environnement bien aéré.
SA- Le Portugal est l'un des pays européens avec les vagues les plus avancées de BA.4 / BA.5 et les hospitalisations en augmentation. C'est compliqué de savoir pourquoi ça a commencé si tôt, mais comme tous les débuts de l'épidémie, le rôle des événements aléatoires du type " super-spread " y est probablement nombreux
Globalement, la vague de BA.4/BA.5 semble décliner en Afrique du Sud. En revanche, aux États-Unis, BA.2 a d'abord été remplacé par la souche BA.2.12, qui semble avoir été remplacée par BA.5.
Pouvez-vous prédire le résultat de ces substitutions entre les variantes au plus fort des futures épidémies ?
SA- Dans 2021, la France était très contagieuse, de nouvelles variantes ont donc été utilisées à la place des anciennes. Depuis décembre 2021, c'est plutôt antigénique qui a ouvert la voie.
Cela complique la modélisation du scénario. Des modèles pour notre équipe, tels que des modèles pourl'Institut Pasteur etl'Institut d'épidémiologie et de santé publique PierreLouis Il prend en compte le taux de vaccination et la proportion de personnes naturellement infectées.
En revanche, il est difficile d'inclure le temps écoulé depuis la dernière vaccination ou infection naturelle. Cela est dû à une immunité différente après une pandémie de deux ans, deux campagnes de vaccination et une énorme vague BA.1.
MTS- Nous avons développé un outil pour prendre en compte cette hétérogénéité de l'immunité dans la population. Compte tenu des contraintes, se concentre actuellement sur le long terme, mais en théorie, il ne serait pas possible d'envisager des scénarios futurs à court terme en utilisant ce cadre. C'est possible.
Pour l'instant, difficile de dire quelle est l'ampleur exacte de la nouvelle vague épidémique qui démarre. Cette vague est déjà bien développée au sens génétique ou virologique, et BA.5 sera probablement majoritaire d'ici le 20 juin . Si on peut compter sur l'été pour réduire l'incidence par rapport à l'hiver, cela seul n'empêchera pas la vague de pollution. Par mesure de sécurité, l'un des pics de trafic en France est resté en août 2020, la quatrième vague (venant du Delta) culminant en juillet 2021.