Les virus ne semblent exister que pour faire des ravages et apporter de la souffrance. Ils ont coûté la vie à d'innombrables personnes au cours des millénaires, en frappant une grande partie de la population mondiale : de l'épidémie de grippe de 1918 qui a tué 50 à 100 millions de personnes aux 200 millions de personnes qui, selon les estimations, sont mortes de la variole au cours du seul XXe siècle. Et la pandémie actuelle de Covid-19 n'est qu'une des nombreuses attaques virales mortelles en cours.
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Les virus ne semblent exister que pour faire des ravages et apporter de la souffrance. Ils ont coûté la vie à d'innombrables personnes au cours des millénaires, en frappant une grande partie de la population mondiale : de l'épidémie de grippe de 1918 qui a tué 50 à 100 millions de personnes aux 200 millions de personnes qui, selon les estimations, sont mortes de la variole au cours du seul XXe siècle. Et la pandémie actuelle de Covid-19 n'est qu'une des nombreuses attaques virales mortelles en cours.Si on leur donnait une baguette magique capable de faire disparaitre tous les virus, la plupart des gens sauteraient probablement sur l'occasion. Pourtant, ce serait une erreur fatale. Les virus sont essentiels au bon fonctionnement de notre monde explique Tony Goldberg, épidémiologiste à l'université du Wisconsin-Madison à la BBC. La grande majorité des virus ne sont pas pathogènes pour l'homme et beaucoup jouent d'ailleurs un rôle essentiel dans les écosystèmes. "Nous vivons en équilibre parfait" et les virus en font partie, explique Susana Lopez Charretón, virologue à l'Université nationale autonome du Mexique.La plupart des gens ne sont pas conscients du rôle des virus dans le maintien d'une grande partie de la vie sur Terre, car nous avons tendance à observer uniquement sur ceux qui causent du tort à l'humanité. Presque tous les virologues étudient uniquement les agents pathogènes. Ce n'est que récemment que quelques chercheurs ont commencé à étudier les virus bénéfiques à l'humanité et à la planète.Les chercheurs ne savent pas combien de virus existent sur notre planète. Des milliers de virus ont été officiellement classés, mais il en existe peut-être des millions. Car, une nouvelle fois, les scientifiques ne s'intéressent qu'aux agents pathogènes.Ils ne savent pas non plus quel pourcentage de l'ensemble des virus est problématique pour l'homme. "Si vous regardez en termes numériques, ce serait statistiquement proche de zéro", explique Curtis Suttle, virologue environnemental à l'université de Colombie britannique. Ce que nous savons, c'est que les phages (les virus qui infectent les bactéries) sont extrêmement importants. "Ce sont les principaux prédateurs du monde bactérien", explique Tony Goldberg. "Sans eux, nous serions dans le pétrin."Les phages sont le principal régulateur des populations bactériennes dans l'océan, et probablement aussi dans tous les autres écosystèmes de la planète. Si les virus disparaissaient soudainement, certaines populations bactériennes exploseraient probablement, d'autres pourraient être dépassées et disparaitre complètement.Cela serait particulièrement problématique dans les océans, où plus de 90 % de toute la matière vivante, en poids, est microbienne. Ces microbes produisent environ la moitié de l'oxygène de la planète - un processus rendu possible par les virus.Les virus tuent chaque jour environ 20 % de tous les microbes océaniques et environ 50 % de toutes les bactéries océaniques. En éliminant les microbes, les virus veillent à ce que le plancton producteur d'oxygène ait suffisamment de nutriments pour entreprendre une photosynthèse à haut débit, ce qui permet de maintenir une grande partie de la vie sur Terre. Les chercheurs qui étudient les insectes nuisibles ont également découvert que les virus sont essentiels pour le contrôle certaines populations. Si une espèce devient envahissante, un virus va se charger de réguler sa population. Ce processus, appelé "tuer le vainqueur", est commun à de nombreuses autres espèces, y compris la nôtre - comme en témoignent les pandémies. "Lorsque la population devient très nombreuse, les virus ont tendance à se multiplier très rapidement et à faire chuter cette population, créant de l'espace pour que tous les autres puissent survivre", explique Curtis Suttle. Si les virus disparaissaient soudainement, les espèces invasives s'épanouiraient probablement au détriment des autres."Nous perdrions rapidement une grande partie de la biodiversité", explique Curtis Suttle. Seules quelques espèces prendraient le dessus et chasseraient tout le reste. Certains organismes dépendent également des virus pour leur survie. Les scientifiques soupçonnent, par exemple, que les virus jouent un rôle important dans la digestion des ruminants en les aidant à transformer la cellulose de l'herbe en sucres.De même, les chercheurs pensent que les virus sont indispensables au maintien de la santé du microbiote des humains et d'animaux. Marilyn Roossinck, écologiste spécialiste des virus à la Penn State University et ses collègues ont examiné un champignon qui colonise une herbe spécifique dans le parc national de Yellowstone. Ils ont découvert qu'un virus qui infecte ce champignon permet à l'herbe de devenir tolérante aux températures géothermiques du sol. "Quand les trois sont là - le virus, les champignons et la plante - alors les plantes peuvent pousser dans des sols vraiment chauds", dit Roossinck. "Le champignon seul ne le peut pas."Dans une autre étude de cas, Roossinck a découvert qu'un virus transmis par les graines de jalapeno permet aux plantes infectées de dissuader les pucerons. "Les pucerons sont plus attirés par les plantes qui n'ont pas le virus, leur présence donc bénéfique", dit Roossinck.Elle et ses collègues ont découvert que les plantes et les champignons se transmettent couramment des virus de génération en génération. Si tous ces virus bénéfiques disparaissaient, les plantes et les autres organismes qui les hébergent seraient probablement affaiblis, voire morts.L'infection par certains virus bénins peut même contribuer à éloigner certains agents pathogènes chez les humains.Le virus GB C, un virus humain commun né dans le sang qui est un parent éloigné non pathogène du virus du Nil occidental et de la dengue, est lié à une progression plus lente du sida chez les personnes séropositives. Les scientifiques ont également découvert que le virus GB C semble rendre les personnes infectées par le virus Ebola moins susceptible de mourir.De même, l'herpès rend les souris moins sensibles à certaines infections bactériennes, notamment la peste bubonique et la listeria. Alors que l'infection incurable par le virus de l'herpès "est généralement considérée comme uniquement pathogène", écrivent-ils, leurs données suggèrent que l'herpès entre en fait dans une "relation symbiotique" avec son hôte en lui conférant des avantages immunitaires. Sans virus, nous et de nombreuses autres espèces pourrions être plus enclins à succomber à d'autres maladies.Les virus comptent également parmi les agents thérapeutiques les plus prometteurs pour le traitement de certaines maladies. La phagothérapie, qui a fait l'objet de recherches considérables en Union soviétique dès les années 1920, utilise des virus pour cibler les infections bactériennes. C'est maintenant un domaine qui se développe rapidement, non seulement en raison de la résistance croissante aux antibiotiques, mais aussi grâce à la possibilité d'affiner les traitements pour éliminer des espèces bactériennes spécifiques plutôt que d'anéantir sans discernement toute notre population bactérienne, comme le font les antibiotiques.Les virus oncolytiques, c'est-à-dire ceux qui infectent et détruisent sélectivement les cellules cancéreuses, sont également de plus en plus étudiés comme traitement moins toxique et plus efficace contre le cancer. Les scientifiques commencent à peine à découvrir comment les virus aident à maintenir la vie, car ils viennent seulement de commencer à chercher. En fin de compte, plus nous en apprendrons sur tous les virus, et pas seulement sur les agents pathogènes, mieux nous serons équipés pour exploiter certains virus bénéfiques et pour développer des défenses contre ceux qui pourraient conduire à la prochaine pandémie.En apprendre davantage sur la richesse de la diversité virale nous aidera à mieux comprendre le fonctionnement de notre planète, des écosystèmes et de même de notre corps.