Le variant Omicron a marqué un tournant dans la pandémie de Covid-19. Avec plus de 60 mutations génétiques par rapport à la souche originale du coronavirus, ce variant promettait d’être très différent de ces prédécesseurs Alpha, Delta et compagnie. En effet, Omicron et ses successeurs (dont BA.2, BA.5 et XBB) échappent beaucoup mieux à l’immunité acquise (par infection précédente ou par vaccination) et sont donc bien plus infectieux.
Depuis leur arrivée, le nombre de personnes infectées a largement augmenté, faisant craindre un décuplement des formes graves de Covid. Heureusement, cela n’a pas été le cas, en partie grâce à la protection vaccinale, qui limite efficacement le développement de formes sévères. Mais même si les non-vaccinés restent plus à risque de ces complications que les vaccinés, eux aussi sont moins sévèrement "attaqués" par Omicron que ses prédécesseurs. Ceci car ce variant s’est avéré moins virulent, et on sait enfin pourquoi, grâce à une étude publiée le 11 janvier 2023 dans la revue Nature par des chercheurs de l’Université de Boston (États-Unis).
Les mutations dans Spike ne sont pas à l'origine de la baisse de virulence d’Omicron
La plupart des mutations non synonymes (qui modifient la protéine codée par le gène muté) dans Omicron (37 sur 59) se retrouvent dans la protéine Spike. Cette protéine à la surface du virus est la cible principale des anticorps, c’est donc à cause de ces mutations que notre système immunitaire a du mal à reconnaitre le virus. Mais on ne savait pas si ces mutations étaient aussi responsables d’atténuer la virulence d’Omicron. Pour le tester, les chercheurs ont créé des "chimères" (des coronavirus avec le corps de la souche originale et la protéine Spike d’Omicron) qu’ils ont testé in vitro sur des cellules humaines cultivées en laboratoire.
Cette chimère se comportait comme la souche originale : elle infectait les cellules plus rapidement qu’Omicron et produisait plus de particules virales. De même chez la souris : Omicron ne causait pas de perte de poids ni de problème clinique, alors que ceux infectés avec la chimère et la souche originale montraient une détérioration rapide de leur santé, entraînant la mort de la majorité des animaux infectés. Les mutations dans la protéine Spike d’Omicron ne sont donc pas responsables de la virulence atténuée de ce variant (ou du moins pas entièrement).
La faible virulence d'Omicron serait due à des mutations dans deux protéines
Les chercheurs ont tenté de déterminer quelles étaient les mutations qui causeraient cette baisse de dangerosité chez Omicron. Pour cela, ils ont créé d’autres chimères en remplaçant une à une toutes les protéines de la souche originale par celles d’Omicron. Une de ces créations montrait une forte baisse de réplication virale, comme celle observée avec Omicron, celle avec les protéines Spike et nsp6 du variant et le reste des protéines originales. Cette chimère causait aussi moins de dégâts chez les souris infectées, avec un taux de survie de 71% contre 20% pour la chimère avec uniquement la protéine Spike d’Omicron. La faible virulence de ce variant, qui passe par une baisse de la réplication du virus, est donc due à la conjonction des mutations dans ces deux protéines, Spike et nsp6.
Alors, comment cette dernière protéine pourrait-elle influer sur la réplication du coronavirus ? Quand celui-ci entre dans une cellule, il forme des vésicules, des compartiments à l’intérieur de la cellule, où le virus peut multiplier son matériel génétique en toute tranquillité. La protéine nsp6 participe à la construction de ces vésicules, donc il est possible que les mutations dans cette protéine affectent ces compartiments et ainsi la réplication du virus. Des études supplémentaires seront nécessaires pour confirmer cette hypothèse. Mais cette découverte met en évidence l'importance d’étudier toutes les mutations du coronavirus et pas seulement celles dans Spike. Car, si des mutations dans nsp6 ont rendu Omicron moins virulent, d’autres pourraient bien avoir l’effet inverse et rendre un prochain variant plus dangereux.
